Veyrieras, Jean-Baptiste (2006) Etude du déterminisme génétique de caractères quantitatifs chez les végétaux: Méta-analyse de QTL et études d'association. PhD thesis Bioinformatique, UMR INRA CNRS INAP-G UPS-XI, INAPG 2006INAP0015.
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Abstract
L'étude de l'hérédité de caractères quantitatifs est au coeur de la génétique depuis l'avènement de cette science au siècle dernier. La génétique quantitative dispose désormais d'un cadre expérimental et théorique bien établi pour étudier les facteurs génétiques sous-jacents à l'hérédité de caractères complexes, que ce soit dans un but cognitif ou pour épauler les programmes d'amélioration variétale chez les espèces d'intérêt agronomique. Généralement, l'étude du déterminisme génétique de caractères quantitatifs s'articule autour de trois étapes majeures: i) déterminer les principaux locus impliqués dans la variation observée (dénommés QTL pour (( Quantitative Trait Loci ))), ii) identifier les gènes en cause, iii) discriminer les principales formes alléliques de ces gènes et évaluer leurs effets. L'avènement des marqueurs moléculaires et de la génomique au cours des vingt dernières années a facilité la mise en oeuvre de dispositifs expérimentaux de cartographie de QTL en génétique végétale. Il est désormais possible d'avoir accès, via les bases de données publiques, à une masse importante de résultats de détection de QTL. Parallèlement, pour certaines espèces végétales, l'annotation de leurs génomes fournit une information de plus en plus riche et précise sur la structure et la fonction des gènes. L'objectif de cette thèse était double. D'une part nous avons cherché à développer une nouvelle approche de type méta-analyse pour optimiser le croisement entre les données de QTL et celles issues de la génomique, dans le but de faciliter la recherche de gènes candidats. Une fois ces derniers identifiés, l'association entre leur diversité allélique et la variation du caractère peut ˆetre évaluée à l'aide de populations aux bases génétiques larges. Ces dernières approches étant relativement récentes chez les végétaux, la thèse a visé, dans un deuxième temps, à élaborer des méthodes adéquates au type de matériel généralement utilisé dans ce contexte: de la modélisation de la structuration génétique en passant par celle du déséquilibre de liaison intragénique, à leur intégration conjointe dans les tests d'association.
| Item Type: | PhD Thesis (PhD) |
|---|---|
| Thesis Supervisor: | Goffinet, Bruno and Charcosset, Alain |
| Date: | February 2006 |
| Board of examiners: | Gallais, André and Prum, Bernard and Jannink, Jean-Luc and Chikhi, Lounès and Martin, Oliver and Robin, Stéphane |
| Ecole Doctorale: | ED 435 AGRICULTURE, ALIMENTATION, BIOLOGIE, ENVIRONNEMENTS ET SANTE |
| Discipline: | Bioinformatique |
| Collection (Fonds): | INAPG |
| Institution: | INAPG |
| Department: | UMR INRA CNRS INAP-G UPS-XI |
| Subjects: | 8. Earth Sciences and Environmental Engineering 7. Life Sciences and Engineering |
| Uncontrolled Keywords: | Molecular markers, Qtl, Meta-analysis, Linkage disequilibrium, Population structure, Association study, Bioinformatics., Marqueurs moléculaires, Qtl, Méta-analyse, D´eséquilibre de liaison, Structure génétique, études d’association, Bioinformatique. |
Table of content
I Introdution G´en´erale 1
1 Prol´egom`enes 2
2 Introduction 16
II M´eta-analyse de QTL 30
3 Meta-Analysis of QTL Mapping Experiments 31
III Etude de la structure g´en´etique 63
4 Mining Population Structure using Principal Component Analysis
Framework 64
IV D´es´equilibre de liaison et haplotypes ancestraux 89
5 Modeling Background Linkage Disequilibriumby Ancestral Haplotype
Structure 90
6 ´Etudes d'association: revue et perspectives 118
V Discussion et Conclusion G´en´erale 147
7 Discussion g´en´erale et perspectives 148
8 Conclusion g´en´erale 163
VI Annexes 165
9 Annexe 1: MetaQTL 166
10 Annexe 2: Libgda 172
| ID Code: | 2275 |
|---|---|
| Deposited By: | Nadine Pontal |
| Deposited On: | 22 March 2007 |
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